Schubert studierte alte Sprachen und Geschichte. Nach Studium und Promotion (1952) wurde er zur Deutschen Akademie der Wissenschaften zu Berlin berufen. Dort war er mit dem Projekt zur Erfassung der deutschen Inschriften betraut. 1965 habilitierte er mit einer Arbeit über die Stifterfiguren im Naumburger Westchor. 1971 wechselte er an das Zentralinstitut für Alte Geschichte und Archäologie der Akademie der Wissenschaften der DDR.
Seit 1977 Mitglied im Domkapitel
Schubert war an zahlreichen bedeutenden Grabungen beteiligt, etwa in der Damenstiftskirche St. Servatius Quedlinburg, in den Domen zu Magdeburg, Halberstadt, Naumburg und Meißen. Die Ergebnisse dieser Untersuchungen wurden in mehreren Monografien und Aufsätzen veröffentlicht. Seit 1977 gehörte er dem Domkapitel der Vereinigten Domstifter zu Merseburg, Naumburg und des Kollegiatsstifts Zeitz an, von 1984 bis 2002 als Dechant. Schubert war Ordentliches Mitglied der Sächsischen Akademie der Wissenschaften zu Leipzig, der Historischen Kommission für Sachsen-Anhalt sowie zahlreicher weiterer wissenschaftlicher Gremien. Seine Forschungsschwerpunkte waren Kunstgeschichte und Geschichte Mitteldeutschlands. Schubert wurden mehrere Auszeichnungen zuteil, unter anderem wurde ihm das Bundesverdienstkreuz und der Verdienstorden des Landes Sachsen-Anhalt verliehen. "Ich bin ein Pragmatiker", sagte Ernst Schubert über sich, und: "Was anderen wehtun könnte, das kann ich nicht machen." Von den Mitarbeitern forderte er, dass sie "mit dem Herzen dabei sein" müssen. Neben seinem Ehrenamt als Dechant war der Wissenschaftler viel auf Reisen. Er war zu Gastvorlesungen an die verschiedensten Universitäten eingeladen, hielt Vorträge auf Symposien und wissenschaftlichen Tagungen.
Bücher in hohen Auflagen
"Ich versuche aufzuzeigen, dass in der DDR sehr ernsthaft wissenschaftliche Forschung betrieben wurde und ich will eine kulturelle Brücke zwischen Ost und West schlagen", sagte er. Seine Bücher erreichten Auflagenhöhen von einer halben Million Exemplaren. Der Naumburger Dom stand für ihn jahrzehntelang im Vordergrund des Wirkens. "An ihm hänge ich mit ganzem Herzen", gestand er einmal. Das war der Grund, warum er als Dechant sich intensiv darum bemüht hatte, für dessen Erhaltung Förderungen zu bekommen. Allein für das neue Dach des Doms mussten zu Beginn der 90er Jahre fast zwei Millionen Mark beschafft werden. Weitere Geldgeber fand Schubert für die Instandsetzung des Nord-Westturmes. Er vergaß aber auch die anderen, kulturhistorisch wichtigen Bauwerke der Region nicht. Eingesetzt hat er sich, damit die Klosterkirche Pforta ein Kupferdach erhält. Für die Rettung der Klosterkirche Zeitz kämpfte er sowie für notwendige Arbeiten am Merseburger Dom.